在临床诊断中，fMRI可以帮助医生诊断神经系统疾病，如中风、帕金森病和阿尔茨海默病，提高了疾病诊断的准确性。

fMRI可以帮助医生确定大脑的功能区域和相关解剖结构的位置，确保最大程度地保护大脑的重要功能区域，如脑肿瘤或癫痫手术。

fMRI使用3.0T强大的磁场和射频脉冲来产生磁共振信号,依赖于血氧水平依赖（BOLD）效应。当大脑某个区域活跃时，它需要更多的氧气，血液就会流向那里，MRI可以捕捉到这些区域血液中氧含量的变化。氧合血红蛋白浓度增加，去氧血红蛋白浓度减少，这种变化会影响局部的磁场，从而改变MR信号。磁共振成像仪检测这些变化并生成一系列图像，这些图像显示了不同脑区在特定任务或刺激下的活动水平，可以得出哪些脑区在任务期间变得活跃。通过fMRI，为理解脑功能和疾病机制提供了强有力的工具。